El programa Conserva Colombia apoyó, financiera y técnicamente, la creación de áreas protegidas de carácter regional o local, tanto públicas como privadas, para proteger ecosistemas estratégicos subrepresentados o sin representación en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SINAP) de Colombia.

El programa inició su operación en 2009, cuando en TNC se diseña como iniciativa para la promoción de áreas protegidas locales. Posteriormente, en 2010, se suma el Fondo Acción, el cual a través de su aporte con recursos de la Cuenta de las Américas, contribuye a la conservación de zonas importantes para la conservación. Ambas organizaciones suman esfuerzos y recursos para contribuir a la realización de proyectos encaminados a la declaratoria de áreas protegidas del nivel local y regional, las cuales han sido lideradas principalmente por organizaciones de la sociedad civil, en conjunto con autoridades locales. Cada proyecto de Conserva Colombia tiene como resultado esperado declarar un área protegida, por lo cual adopta un modelo en el cual la caracterización biofísica y socioeconómica sirve de soporte a la generación de opciones de zonificación del área de interés. En este proceso se debe surtir una fase de consulta, socialización y construcción colectiva, en la cual las comunidades locales tienen la posibilidad (real) de participar de manera efectiva en el reconocimiento de los territorios y en la construcción de opciones de manejo.

La fase final de los proyectos de Conserva Colombia comprende la elaboración de un plan de manejo, en el cual queda plasmada la apuesta conjunta que, a través de estrategias concretas, permite abordar la conservación, restauración y uso sostenible en cada núcleo de áreas protegidas. El conjunto de información obtenida sirve de soporte para el proceso (procedimiento o trámite) para la declaración de áreas protegidas, de acuerdo con la normativa vigente. En esto es fundamental la participación de las autoridades ambientales regionales, así como de la Unidad de Parques Nacionales Naturales.

Conserva Colombia permitió la cofinanciación de 28 proyectos que abarcan un área de influencia superior a las 300 mil hectáreas en 11 departamentos, dirigidos a la declaratoria de nuevas áreas protegidas locales. También logró la declaratoria de 95 áreas protegidas en más de 200 mil hectáreas en áreas de conservación formalmente establecidas. La iniciativa permitió el fortalecimiento de capacidades de organizaciones de la sociedad civil directamente involucradas en acciones de conservación con enfoque comunitario.

Conserva Colombia concentró sus esfuerzos en la conservación del bosque seco tropical, uno de los biomas más amenazados del país, en los departamentos de Atlántico, Bolívar, La Guajira, Nariño, Santander, Sucre y el Valle del Cauca. También apoyó el diseño y consolidación de sistemas municipales de áreas protegidas en Antioquia y el Valle del Cauca, y la conservación de las sabanas naturales con iniciativas privadas en Vichada. Esta iniciativa ha reconocido el valor de las áreas protegidas privadas y su contribución para la conservación de la biodiversidad. La convicción de algunos miembros de la sociedad civil y el reconocimiento de su rol protagónico en la conservación han sido elementos característicos de Conserva Colombia.